הרומן משלב שני סיפורי מסע המשיקים זה לזה, ונעים על הגבול שבין מציאות ודמיון.
המסע המרכזי הוא של הנער קפקא טאמורה, הבורח מבית אביו ומחפש את אמו שנטשה אותו בילדותו ואת אחותו. במהלך בריחתו, מוצא קפקא מחסה בספרייה פרטית בטקמאצו שבמחוז קגאווה, הנמצא באי שיקוקו. הספרייה, מנוהלת על ידי מיס סאאקי ובה עובד אושימה, שהופך לידידו של קפקא ואיש סודו.
המסע השני הוא זה של נאקאטה, זקן פגוע מוח, המתפרנס מקצבת סעד וממציאת חתולים עימם הוא יכול לשוחח. המסע של נאקאטה שמוביל אותו בפעם הראשונה הרחק מביתו בעזרת נהג משאית בשם הושינו, שלוב בזה של קפקא. התעלומה המלווה את הסיפור יחד עם מסעו של נאקאטה בעולם פנטסטי, מאפשרים לקפקא הנער להשלים את מסעו ואת התבגרותו.